Осенью 1940 года Горьковский театр музыкальной комедии приехал на шестимесячные гастроли в Иркутск. 17 октября театральный сезон был открыт опереттой Бориса Александровича Александрова «Свадьба в Малиновке». 19 марта 1941 года по просьбе иркутян театр был стационирован в Иркутске и стал называться Иркутский областной театр музыкальной комедии. Создателем театра и его первым директором стал известный актер Леонид Юрьевич Сагайдачный. Затем его сменил Флавий Александрович Блиц, тоже актер и один из организаторов театра.

В октябре 1940 года Горьковский театр музкомедии отправляется на полугодовые гастроли в Иркутск. Здесь их ждало специально подготовленное здание: бывшее здание Общественного собрания, построенное в 1902 году по проекту Владимира Александровича Рассушина со зрительным залом на 912 мест (сейчас в нём располагается Театр юного зрителя).

17 октября 1940 года спектаклем «Свадьба в Малиновке» был открыт сезон 1940/1941, рассчитанный на 6 месяцев. Всего в Иркутск приехало 165 работников театра, в том числе хор - 30 человек, оркестр - 26, балет - 32.
Уже в декабре 1940-го года в Совнарком РСФСР поступило ходатайство стационировать Горьковский театр музкомедии в Иркутске.
В марте все вопросы по передаче Горьковского театра были, наконец, решены, и 19 марта издан приказ Иркутского отдела искусств о том, что отныне он будет называться Иркутским областным театром музыкальной комедии. Этот день и принято считать днём рождения театра. Директором и художественным руководителем назначается Леонид Юрьевич Сагайдачный, заместителем директора А.Л. Рымлянд.

Во время войны в Иркутске размещаются госпитали. В театре музкомедии были созданы концертные бригады, репертуар которых постоянно обновлялся. Все свое свободное время они проводили в шефской работе, обслуживали заводы, фабрики, колхозы, и, в первую очередь, госпитали и военнослужащих Иркутского гарнизона.
На сцене театра с большим успехом идут лучшие произведения Имре Кальмана, Иоганна Штрауса, Франца Легара, Жака Оффенбаха. 7 ноября 1942 года в Иркутском театре музыкальной комедии состоялась премьера главной постановки военных лет – масштабной антифашистской комедии «Под небом Праги». Она была создана по заказу театра эвакуированным из Ростова-на-Дону композитором Семёном Заславским и уже признанным в то время сибирским драматургом Павлом Маляревским.
В годы войны в работе коллектива широко принимают участие артисты Киевского академического театра оперы и балета, находившиеся в это время в г. Иркутске, а также творческие работники, эвакуированные из Москвы и других городов страны.
Художественное руководство театром в эти годы осуществляли: главные режиссеры – Ленский В.О., Крыжицкий Г.К., Гросс Г.К., Храмченко А.Д., А. Орлов ( с 1948 года); главные дирижеры – Синицин Е.В., Хинкис Э.Г. ( с 1945 года); главные балетмейстеры – Пальмов Н.В., Марголин Н.Б., Барский Л.Р.
Среди исполнителей – народный артист РСФСР Н. Загурский, заслуженные артисты РСФСР А. Воробьева, К. Жулина, Г. Гросс, М. Снегов, Г. Муринский, В. Пясковская, М. Викс. В репертуаре театра широко заняты засл. арт. РСФСР И. Рогозинская, Н. Каширский, солисты Л. Болотина, Г. Коржановский, М. Кувшинова, Е. Васильев.
В 1956 году коллектив театра создал спектакль о строителях Иркутской ГЭС «Огни сибирские». Музыку написал композитор – главный дирижер театра А. Кулешов, автором пьесы был артист театра Н. Каширский. Премьера спектакля состоялась 21 декабря – в день, когда Иркутская ГЭС дала первый ток. В течение двух сезонов спектакль прошел при переполненном зале 100 раз. На Всесоюзном смотре музыкальных театров спектакль «Огни сибирские» получил диплом I степени.
В 1958 году состоялся творческий отчет театра на гастролях в Москве. Были показаны спектакли «Левша», «Огни сибирские», «Холопка», «Свадьба в малиновке», «Сто первая жена», «Польская кровь», «Веселая вдова». За спектакль «Левша» театр получил диплом I степени. Впервые в истории театра поставлены большие балеты «Коппелия» (в 3-х действиях) «Бахчисарайский фонтан» (в 4-х действиях), «Эсмеральда» (в 3-х действиях).
С 1950 по 1961 гг. – директором театра был Блиц Ф.А. Художественное руководство осуществляли главный режиссер Орлов А.Н., главный дирижер Кулешов А.С., главный балетмейстер Эджубова Е.Д.
В 1961 году директором театра становится заслуженный артист РСФСР Николай Матвеевич Загурский, впоследствии получивший звание народного артиста РСФСР. Сочетая в себе замечательного артиста и режиссера с даром администратора и воспитателя, он внес огромный вклад в развитие театра.

Главный дирижер театра А. Кулешов пишет музыку, иркутский писатель Н. Чаусов – пьесу о революционных событиях на Лене «Желтый дьявол». Премьера спектакля в постановке Н. Загурского состоялась 18 марта 1961 года. В 1962 году на Всесоюзном смотре музыкальных театров за спектакль «Простор широкий» театр получил диплом II степени. Осуществлена еще одна большая классическая балетная постановка, на этот раз балет в 3-х действиях «Корсар».
22 апреля 1970 года состоялась премьера балета «Даурия», поставленного по роману Константина Седых. Автор музыки А. Кулешов, автор либретто режиссер Э. Корсаков, балетмейстер-постановщик Н. Пасикова, художник спектакля Ю. Суракевич. Балет с сибирским сюжетом был очень тепло принят и зрителями, и критиками. Главные партии исполнили молодая балетная пара А. Щипачева и В. Щипачев.
В 1972 году театр постигло несчастье – пожар, значительно повредивший сцену и зрительный зал. На протяжении нескольких месяцев спектакли приходилось играть в клубе завода им. Куйбышева, в Доме офицеров, в театре юного зрителя и в драматическом театре, на площадках Домов культуры Ангарска. К марту следующего года театр был полностью реконструирован и в конце марта состоялась премьера оперетты В. Мурадели «Москва – Париж – Москва», поставленная режиссером И. Фаликовым.

Театральная труппа в эти годы была отлично укомплектована по возрасту и амплуа. Продолжали успешно работать ветераны театра: Виктор Брагин, Евгений Васильев, Антонина Комарова, Вера Пясковская; блистали Елена Волошина и Макс Шнейдерман; бывшая молодежь Виктор Жибинов и Николай Хохолков стали признанными мастерами и получили звания заслуженных артистов России; Людмила Любименко выросла в ведущую героиню; Лидия Сафонова становилась опытной артисткой. В театре было много талантливых молодых артистов: Б. Артеменко, Н. Горбунова, В. Дычинский, Н. Данилина, Г. Данилин, В. Ермошкина, Н. Таланова, Н. Унд, которые росли от роли к роли. Приехали из Рижской оперетты выпускники Одесской консерватории Ерофей Васильев, Надежда Васильева, Виктор Лесовой.
В 1977 году Загурский Н.М. вышел на пенсию и вместе с женой В. Пясковской уехал из Иркутска. В театре была сильная труппа, художественное руководство возглавляли мастера: режиссёр Мирон Лукавецкий, дирижёр Эммануил Тобиаш, директором театра стала его заместитель, человек, беззаветно преданный театру, Любовь Фёдоровна Подданкова.
В 1986 году в театр пришли новый директор Дмитрий Валентинович Скоробегов и главный режиссер Наталья Владимировна Печерская. С их приходом театр старается представлять зрителям классические оперетты в наиболее полном виде, раскрывая многочисленные традиционные купюры.
Театр участвует в смотре лучших спектаклей театров музыкальной комедии в г. Свердловске, где показывает свой спектакль «Дорогая Памела», поставленный Н.В. Печерской. В труппу театра влилась большая группа молодых солистов, окончивших театральные ВУЗы страны: Николай Мальцев (ныне народный артист РФ), Вячеслав Варлашов (ставший впоследствии заслуженным артистом РФ), Софья Якубова, Николай Нестеров, Николай Прошин, Елена Жукова, Елена Бондаренко (ныне заслуженная артистка РФ), Владимир Попов (ныне заслуженный артист РФ). В актерский цех переведен Владимир Яковлев (ныне народный артист РФ).
29 декабря 1989 года был подписан акт сдачи нового здания театра (на ул. Седова, 29). 30 декабря состоялся торжественный вечер, на котором чествовали строителей. Генеральный подрядчик вручил театру символический ключ (хранится в музее), а театр ему – свиток с перечнем недоделок.

Иркутский театр музыкальной комедии получает статус музыкального театра и переезжает в новое здание, которое открывает 5 января 1990 года премьерой оперы Жоржа Бизе «Кармен».
29 февраля 1996 года состоялась премьера рок-мистерии на музыку А. Рыбникова «Юнона» и «Авось», совместной постановки музыкального театра и Театра пилигримов под руководством В. Соколова. Постановку спектакля осуществила главный режиссер Иркутского музыкального театра Н. Печерская.
В мае 1998 года уходит на пенсию Дмитрий Скоробегов. Директором театра становится Владимир Константинович Шагин. Главным балетмейстером приглашена Людмила Цветкова. В 1999 году был перенесён главный вход.
В 2001 году театру исполняется 60 лет. По инициативе Шагина В.К., постановлением губернатора Иркутской области Б.А. Говорина Иркутскому областному музыкальному театру присвоено имя народного артиста РСФСР Николая Матвеевича Загурского.
В 2010-м произведена замена кресел в зрительном зале, а в 2011 году были полностью трансформированы зал театральных касс и зрительское фойе. В июне 2021 года открыта Малая сцена.
В ноябре 2022 года обновлен театральный музей.